正化34年（2022年），懷著對高中時代遇到的“王子大人”的憧憬，有點兒小迷糊的笠原郁（井上麻里奈 配音）加入圖書隊，與依托所謂的《媒體良化法》對出版物進行粗暴審查和封禁的良化隊展開連番抗爭。而今她已成為圖書特殊部隊中的一員，與教官堂上篤（前野智昭 配音）的關系似乎也有新的進展。與此同時，社會上發生襲擊核電站的恐怖事件，良化委員會指責該事件策劃者從名為《核電危機》的小說中汲取靈感，因此對該書作者當麻藏人展開狩獵。為了捍衛言論和表達自由，笠原和伙伴們踏上前途兇險的戰場……本片根據作家有川浩“圖書館戰爭四部曲（《圖書館戰爭》、《圖書館內亂》、《圖書館危機》和《圖書館革命》）”中的第四部的故事改編，是同名TV動畫劇集的劇場版。
這一事件，也波及到了夏國。暗地里開始出現了一些皈依者，在不少人跡罕至之處秘密集結，想著搭上別人家神的末班車。
那邊~汪汪~我朋友！別過去找它們麻煩啊~汪汪汪~知道不？周浪大聲向上面喊道。
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